Museoko sail guztiek museoari eta bertako bildumei buruzko ikerketa sustatzea dute helburu, hiriaren ondarea eta oroimena ahaztu gabe.
Horretarako, ikertzaileei beren lanerako beharrezko informazioa eta dokumentazioa eskaintzen dizkie eta azterlan interesgarriak sustatzen ditu.

Dokumentazio eta Katalogatze Saila, Hiriko eskulturen atlasa azterlana bultzatzen ari da. Donostian kokatuta dagoen eskultura publikoa katalogatu, deskribatu eta dokumentatzeko proiektu bat da.
Euskal Herrian dauden Egiptoko piezen bilduma publiko eta pribatuen ikerketa-proiektu baten barnean, Euskal Herriko egiptologo eta bildumagile pribatuek osatutako talde multidiziplinar bat San Telmoko Egiptoko piezen bilduma aztertzen eta dokumentatzen ari da.

Liburutegiak museoko fondoekin, jarduerekin eta historiarekin erlazionatutako obrak barne hartzen ditu batez ere. Sarbide mugatukoa den arren, Donostia Kulturaren liburutegi-sarearen katalogoan kontsulta daiteke. Gaur egun museoaren proiektu berria lantzen ari gara, bertako zerbitzuak eta instalazioak hobetzeko eta eguneratzeko asmoz. Liburutegien udal-sarean puntu berri bat izango da, artean, etnografian eta museologian eskaintza espezializatua eginez.

Museoak argitalpen ugari ditu, hala erakusketei nola bertako bildumei buruzkoak.